此外，考古学家亦发现秦始皇陵周围地下存在规模巨大的阻排水渠，底部由厚达17米的防水性强的清膏泥夯成，上部由84米宽的黄土夯成，规模大到难以想像。秦始皇陵考古队队长段清波指，《史记秦始皇纪》中记载的「穿三泉」中，「三」其实是个概数，其实应该是指在施工过程期间遇到水淹，所以才修建阻排水渠，正好挡住了地下水由高向低渗透，有效保护墓室不遭水浸。
从商周到汉代，帝王的墓道通常都為4条，分别贯穿东南西北4个方向，这是尊贵身份和地位的象徵，而普通官员和百姓的墓道為一条或两条，但考古学家发现，秦始皇陵只有东、西两条墓道，这出乎考古学家的意料之外。
除此以外，秦始皇陵的封土堆体积庞大，堪称国内之最，但封土从何而来则尚无定论。儘管有献记载指封土堆「取土鱼池」，但秦陵考古队队长段清波质疑这个说法，指封土堆的土壤样含杂大量沙石，但取自鱼池裡的土却是纯净的黄土，且粘性甚强，极少含有沙石，而且认為秦陵陵区地势南高北低，且落差很大，从山下的鱼池取土显然要费力的多。因此，取土於鱼池一说值得商榷。
另有专家根据《史记秦始皇纪》「復土驪山」的说法，指封土堆其实是从墓穴中挖来，但经秦陵陵区高光谱遥感探测，在秦陵南部的驪山脚下发现了一处南北走向串珠状的巨型凹陷。
经实地勘查，这个深达30米的巨型凹陷有明显人工挖掘的跡象，而凹陷的土质也与封土相同，这也是对封土堆由来的新推断。
另一方面，中国地质调查研究院研究员刘士毅指。秦始皇地宫内水银含量的确存在异常，如果以水银的分布代表江海的话，正好与渤海、黄海的分布位置相符。若查明属实，正好说明秦朝时期已经有对中国地理作出调查和研究，可说是新的歷史发现。
目前中国政府并没有对秦始皇陵动土发掘的计划，主要考虑到著手发掘后，极有可能出土庞大数量的歷史物，而在尚未完全确立妥善的保存方法下，实在不宜发掘。
兵马俑是在1974年3月29日被陕西省临潼县村民杨志发、杨彦信、杨泉义等人发现。当时考古学家一致认為此遗跡规不会太大，但很快发现兵马俑的规模比想像中要大得多。
专家推测兵马俑遗址呈长方形状，东西长二百三十米，南北长六十二米，约埋藏七千多座与实物等身的兵马俑。不过超乎预期的发掘成果。却引来保存兵马俑物方面的困难。
当时的中国国务院副总理得悉发现兵马俑坑的消息，即指示国家物局与陜西省政府合作，迅速採取相关措施保护物。因此挖掘工程暂时中止，在不损及遗跡的前提下，耗费近两年时间在遗跡上矗立著一座椭圆形的巨蛋建筑，并在1979年10月正式对公眾开放，命名為「秦始皇兵马俑博物馆」。
按照中国古代建筑讲求的对称原则。在陵园的西门、北门和南门应也有兵马俑坑，但考古人员多番实地勘查，一无所获，对於兵马俑坑置於陵园东侧的原因。目前有多种说法，现摘录如下，但以下说法目前尚无定论。