武太后颇为犹豫，在此敏感时期，她还是把武清的奏疏留中不发，因为她没有把握这武科举是否能够为自己所用，她决定还是从内部开始清洗异己。
于是在东突厥袭扰昌平后，只命黑齿常之率军击之，便开始了新一轮的清洗。
首先便是已经被贬为施州刺史的李孝逸，她听了武承嗣之言，说李孝逸名字中“逸”字中有兔，兔乃月中之物，月近天，合有天分，意在窥覦帝位。于是便命人拿了下了制狱。
紧接着便是刘祎之，刘祎之是被凤阁舍人贾大隐告密的，两人都在凤阁，属于同僚，低头不见抬头见的那种。刘祎之忌惮武太后权威，又不敢谏言，所以便向属下说，太后既能废昏立明，何用临朝称制，不如返政，以安天下之心。随即便被贾大隐给密告给了武太后。
武太后不禁大怒，刘祎之可是北门学士之一，他所有的荣华富贵都是武太后给的，从一个芝麻小官如今做到了正三品的宰相，到如今竟然口出此言。由此可见这朝中不知道有多少人想着反叛自己。
贞观殿内，武太后怒道：“刘祎之是朕所器重之臣，如今竟有背我之心，真罔顾朕之恩情。”
不久，便有人密告，刘祎之曾私受契丹领袖、归诚州都督孙万荣的贿赂，又与许敬宗之妾私通，武太后愤怒异常，便命告密之人肃州刺史王立本推按此事。刘祎之随即下了制狱。王立本宣敕出示圣旨。刘祎之本就是起草诏书之人，如何肯服，大骂道：“不经凤阁鸾台，何名为敕！”
武太后自然大怒，随即“以拒捍制使”之罪定为死罪。刘祎之曾经是李旦王府中的旧臣，李旦听说后。便赶紧向武太后求情。
武太后没有让李旦进殿，而后迅速赐死刘祎之。
刘祎之死后，武太后命酷吏周兴继续按鞫制狱，挖出刘祎之党羽。一百多人。如麟台郎郭翰、太子周思钧均遭流放。
自刘仁轨死后，无大臣留守长安。于是便命苏良嗣迁为文昌左相留守长安。与此同时纳言韦思谦致仕，裴居道为内史，正式拜相。夏官侍郎张光辅为凤阁侍郎同凤阁鸾台平章事，进入政事堂。
岭南边疆少数族时有造反。但随即被平，重大事件如交趾都护刘延之被狸户所杀，首领李思甚等人随即被镇压。
东突厥入侵朔州，武太后又听了谗言，决定还是不用武清出征，命黑齿常之为燕然道行军总管，再封李多祚为右鹰扬大将军为副总管。出兵朔州。
而此时的武清，顶着左羽林卫大将军的头衔却在武清县当县令，这也算是一个朝廷中奇特现象。他每日里处理下重大事情后，便是泡在黑火药研究室里面。开始研究黑火药。奔走于各个工坊，特别是近半年来加入了高炉和煤炭后，铸币增加十倍，而且所铸开元通宝的成色相当不错，铜的含量达到了八成，新钱光滑品相不错。武清准备用这些钱来收购民间金银。